Mit dem Chancenbudget sollen die Verantwortlichen vor Ort befähigt werden, bedarfsgerecht Mittel so einzusetzen, wie sie vor Ort benötigt werden, um die Programmziele zu erfüllen. Damit soll laut der Bund-Länder-Vereinbarung die „Schulautonomie“ deutlich gestärkt werden.

Für diese Säule wurde ein „Orientierungspapier zur Verwendung der Chancenbudgets an den Startchancen-Schulen“ als Anlage zu der Bund-Länder-Vereinbarung erstellt. Mindestens zwei Drittel des Chancenbudgets einer Startchancen-Schule sollen für die Umsetzung von im Orientierungspapier empfohlenen Maßnahmen genutzt werden. Ein Drittel steht den Schulen zur freien Verfügung. Alle Maßnahmen sollen auf die Programmziele einzahlen und mit Zielvereinbarungen hinterlegt werden.